Curtea de Conturi a Republicii Moldova a emis opinie cu rezerve asupra rapoartelor financiare consolidate ale Ministerului Educației și Cercetării pentru anul 2024, din cauza unor deficiențe grave în evidența contabilă și gestionarea patrimoniului public.
Auditul a fost publicat în iunie 2025 și a vizat activitatea Ministerului și a celor 130 de instituții subordonate. Deși cheltuielile bugetare de 3 517,7 milioane lei au fost executate în proporție de 98,7%, auditorii nu au putut confirma exactitatea unor date esențiale privind bunurile de stat, din lipsa unor proceduri clare și confirmări interinstituționale.
Curtea nu a obținut suficiente probe privind suma de 8 533,1 milioane lei raportată drept acțiuni și participări, iar terenuri în valoare de 294,9 milioane lei nu au fost înregistrate în evidențele contabile. De asemenea, 42 de terenuri cu suprafață de 1 456 hectare și valoare estimată de 142,2 milioane lei nu au fost preluate de Agenția Proprietății Publice din cauza unor proceduri nefinalizate.
Erori au fost identificate și în calculul uzurii mijloacelor fixe – cu un impact total de peste 38,6 milioane lei – precum și în subevaluarea terenurilor și lipsa unei metodologii reale pentru calculul costului instruirii per elev/student.
Auditul a scos la iveală și carențe ale auditului intern, care nu a verificat aspecte critice privind patrimoniul, și neconformități în acordarea sporurilor de performanță. Totuși, ca urmare a colaborării cu echipa de audit, Ministerul a corectat erori în valoare totală de 64,3 milioane lei.